В отличие от предыдущих игр серии, история Uru сочетает элементы вымышленного сюжета с событиями реального мира. Согласно вымышленной истории игры, в 1980-х годах археологи нашли вход в обширную подземную пещеру недалеко от вулкана в Нью-Мексико. Пещеры вели к древнему заброшенному городу, построенному загадочной цивилизацией Д'ни. Д'ни практиковали древнюю способность, известную как Искусство. Написав историю другого мира, Д'ни создали "связующие книги", которые служили порталами в описываемые миры, известные как Эпохи. Вскоре после установления контакта с одним человеком, вся цивилизация внезапно исчезла двести лет назад. По рассказу Уру, видеоигра Myst была создана, когда руководители археологических исследований обратились в студию разработки Cyan, чтобы рассказать общественности о Д'ни. Myst разошлась миллионными тиражами, а Cyan продолжала выпускать игры, основанные на находках D'ni. В наши дни группа, известная как Совет по восстановлению Д'Ни или DRC, вновь открывает проходы в пещеры Д'Ни и начинает восстанавливать заброшенные города.
Игроки начинают историю Уру в Нью-Мексико, недалеко от расщелины, глубокой трещины в земле, которая ведет к пещерам Д'ни. Мужчина, который представляется как Занди, сидит перед своим трейлером у расщелины, призывая игрока познакомиться с окружающей средой и присоединиться к исследованию. Игрок натыкается на голограмму женщины, Йиши, которая рассказывает ему или ей историю Д'ни и просит о помощи в восстановлении цивилизации. Игрок должен разгадать головоломки в расщелине и вокруг нее, чтобы найти семь дорожных полотен, которые открывают путь в Эпоху Релто.
Uru: Ages Beyond Myst - приключенческая игра от третьего лица, основанная на франшизе Myst. Uru - это отход от предыдущих игр франшизы, действие которой происходит в современную эпоху, и позволяет игрокам настраивать свои экранные аватары. Cyan начал разрабатывать Uru вскоре после завершения Riven в 1997 году, предоставив будущие продолжения Myst сторонним разработчикам.