S.T.A.L.K.E.R.: Чистое небо - пролог к первой части игры с добавлением новых возможностей и исправлением старых ошибок. Приквел возвращает игрока на территорию аномалий, окружающую бездействующую Чернобыльскую атомную электростанцию, называемую Зоной. История разворачивается за год до событий оригинальной игры. Взяв на себя управление сталкером по кличке Шрам, игрок оказывается подвергнут смертельной дозе ядерного излучения. Игроку нужно раскрыть правду о своем состоянии и найти истинный источник этих выбросов. Для этого Шраму предстоит вернуться в уже знакомые локации, даже если они не совсем такие, какими игрок их запомнил в оригинальной игре, а также исследовать новые области и познакомиться с новыми персонажами.