Prototype - это экшн с открытым миром от Radical Entertainment. Вы Алекс Мерсер, человек, превращенный смертельным вирусом в практически неуязвимую машину для убийств. Действие разворачивается на острове Манхэттен, игроки берут под свой контроль главного героя Алекса Мерсера, человека с таинственным прошлым, чья истинная природа раскрывается по ходу игры. Выполняя различные задания в игровом мире, от сюжетных квестов до случайных разрушений, игроки зарабатывают "очки эволюции", которые могут быть потрачены на новые способности. Эти способности варьируются от простого улучшения характеристик до доступа к новым формам изменения облика.
Prototype во многом повторяет супергеройскую игру Radical Entertainment 2005 года The Incredible Hulk: Ultimate Destruction, в которой основное внимание уделяется хаосу и разрушениям. Механика также схожа: главные герои обеих игр способны бегать по фасадам небоскребов и подпрыгивать на сотни метров в воздух. Превосходные навыки Алекса Мерсера в беге и прыжках дополняются его способностью к "автопаркуру". Пока Алекс Мерсер бежит, препятствия на его пути автоматически перепрыгиваются и переворачиваются, обеспечивая единое плавное направление движения независимо от выбранного пути.
Prototype также вводит новую механику скрытности, в которой игроки могут буквально поглощать других людей и принимать их облик, используя маскировку как для уклонения, так и для проникновения. Акт поглощения другого существа также пополняет биомассу Мерсера, эффективно повышая здоровье. Алекс Мерсер также может поглощать воспоминания, навыки и даже личность своей жертвы, позволяя Мерсеру раскрывать элементы истории, приобретать новые навыки и улучшать существующие.