Идет 27-й век и человечество давно покинуло поверхность Земли, страдающую от радиоактивности, в глубины океана. Уильям Дрейк - последний отпрыск старинной аристократической семьи. После смерти своей бабушки молодой человек отплывает на грузовом судне, принадлежащем "Дрейк Энтерпрайзиз". Вскоре группа наемников нападает на судно и берет его под контроль. Нападавшие сохранили Уильяму жизнь, но с этого момента у него нет другого выбора, кроме как связать свою судьбу с ними.
Как и его предшественник, AquaNox 2: Revelation представляет собой гибрид симулятора подводной лодки и шутера от первого лица. Игрок может управлять четырьмя различными боевыми кораблями и модернизировать их на протяжении всей игры. Суда имеют разные характеристики, и их часто приходится выбирать для выполнения конкретных задач, например, требующих скрытности или тяжелой брони, чтобы противостоять атакам. Для борьбы с врагами можно использовать торпеды и энергетическое оружие. Управление кораблем можно переключать между режимом FPS и режимом симуляции, в котором подводная лодка управляется более реалистично.