Это суровый образец шпионской фантастики следует за работой Сэма Фишера, когда он вынужден уйти в отставку, чтобы выполнить смертельно опасную миссию для Агентства национальной безопасности. Несколько грузинских террористов подозреваются в обладании информацией, которая могла бы создать угрозу безопасности для американских спецслужб. Это происходит после того, как пропадают два сотрудника ЦРУ.
История развивается быстро и линейно, завершение миссий, тем не менее, приносит удовлетворение из-за масштаба игры. Одной из определяющих особенностей повествования в этой игре является то, что по сути это путешествие, охватывающее множество различных локаций по всему миру, от нефтяной платформы, посольства Китая в Янгоне до собственной штаб-квартиры ЦРУ в Лэнгли, штат Вирджиния. Со всеми этими локациями можно быть уверенным в одном: Сэм должен быть хитрым, скрытным и даже безжалостным, чтобы выполнить свою миссию. Фишер обязан закончить войну до того, как она успеет начаться.
В отличие от более ориентированных на действие стелс-игр, таких как Metal Gear Solid, Splinter Cell стремится к взвешенному подходу в игровом процессе, который больше фокусируется на скрытности и меньше на действии. И хотя такие игры, как Thief и ее продолжения, использовали аналогичный подход за годы до Splinter Cell, эта игра перенесла игровой процесс в двадцать первый век.