1936 год. Игра начинается с ролика, в котором показано убийство отца главного героя и взрыв его пекарни руками Барзини, соперниками Корлеоне в Нью-Йорке. После этого дон Вито Корлеоне утешает ребенка, говоря ему, что когда он станет достаточно взрослым и настанет подходящее время и он отомстит. Затем история перематывается на сцену свадьбы 1945 года в начале фильма, где мать Альдо просит Дона Корлеоне присмотреть за ее сыном, который общался не с той компанией. Луку Брази посылают завербовать Альдо и обучить его приемам мафии. С этого момента Альдо берется под крыло семьи Корлеоне и продвигается по службе в организации.
По сути, в игре есть две истории, которые переплетаются: первая включает в себя основные события фильма (с участием персонажа, играющего центральную роль) и личную сюжетную линию. В первой Альдо становится свидетелем убийства Луки Брази, подбрасывает пистолет Майклу Корлеоне, чтобы тот убил Солоццо и капитана полиции Маккласки, помогает Рокко подложить лошадиную голову в постель Вольца, охраняет дона Вито Корлеоне в больнице, становится свидетелем смерти Сонни, убивает важных соперников Корлеоне во время крещения и появляется на собрании пяти семей.
Во второй сюжетной линии Альдо заводит дружбу, а позже убивает соратника Корлеоне "Монка" Мэлоуна, потому что тот оказывается предателем, заводит роман с его сестрой Фрэнсис "Фрэнки" Мэлоун и мстит за ее смерть, а также убивает Дона Барзини в отместку за убийство своего отца, а также за содействие в убийстве главы трех других семей.
Наряду с сюжетными миссиями игрок продолжает участвовать в бизнесе по захвату контроля над Нью-Йорком у конкурирующих семей. Это включает в себя вымогательство и рэкет, захват контроля над складами, выполнение заказных убийств и участие в войнах мафии, когда уровень вендетты между Корлеоне и конкурирующей семьей становится достаточно высоким. Выполнение ряда предварительных условий для достижения 100%-ного результата позволило Альдо стать доном Нью-Йорка в 1955 году.