Сюжет Aliens Versus Predator 2: Primal Hunt раскрывает хронологию событий, предшествующих игре Aliens Versus Predator 2, в частности, к уничтожению исследовательской капсулы 5. История разворачивается в общей сложности в девяти миссиях, по три на каждый вид (Древний Хищник, Чужехищник и Человек из Корпорации). Каждый из трех игровых персонажей отправляется за таинственным артефактом, способным уничтожить или отпугнуть ксеноморфов.
Майор Дуня вновь появляется в дополнении, на этот раз в качестве игрового персонажа. Член корпорации наемников, известной как Железные медведи, она имеет доступ к некоторому отличному снаряжению по сравнению со своими коллегами из морской пехоты. Ее детектор движения распознает движение на 360 градусов вокруг нее, но дальность действия ограничена 15 метрами. Кроме того, она обладает способностью к двойному владению пистолетами и может переносить и расставлять автоматические турели.
Единственное новое оружие Хищника, получившее прозвище Древний из-за того, что его кампания начинается за 500 лет до событий оригинальной игры, называется "энергетический дротик". Это оружие менее мощное, чем наплечная пушка, но имеет значительно более высокую скорострельность, что делает его более полезным против больших групп врагов. Для Хищника также была добавлен механизм самоуничтожения, хотя он доступен только в многопользовательской части игры. При 10% здоровья или ниже игрок может активировать эту функцию на своем браслете, взрывая Хищника и нанося урон ближайшим врагам.
Начиная с роли охотника за головами (который теперь может прыгать через решетки), в этой кампании Чужой оплодотворяет Хищника, в результате чего появляется Чужехищник. Ранее доступный только как многопользовательский класс, Чужехищник сохраняет скорость и маневренность обычного Чужого, но обладает большей живучестью, что затрудняет его уничтожение. Теперь в этот класс добавлена возможность выполнять удары головой для восстановления здоровья.