Научный аванпост на далекой планете подвергся нападению. О нападавших ничего не известно, так как все коммуникации были уничтожены. Команда морских пехотинцев отправляется на расследование и уничтожение неизвестных захватчиков. Когда их шаттлы входят в атмосферу и приближаются к базе, защитные лазеры, поврежденные во время атаки, вступают в действие. Они запускают яростные очереди лазерного огня по приближающимся морпехам, которые не готовы и несут большие потери. Новички Нэш и Джордан совершают аварийную посадку и должны отбиваться от инопланетной силы.
Как и в предыдущей игре Alien Breed, игровой процесс показывается сверху. Ваш солдат прокладывает себе путь по уровням, собирая найденные ключи, боеприпасы и кредиты. Компьютеры можно использовать для покупки нового оружия. Новый режим "отступление" позволяет вам стрелять, двигаясь назад.
Игра в значительной степени нелинейна, так как большинство уровней имеют несколько выходов, и игру можно проходить разными способами. Существует множество внутренних и наружных уровней, хотя большую часть времени вы проводите внутри некоторых многоуровневых башен-лабиринтов. После активации механизма самоуничтожения вы должны быстро покинуть здание.